Damit es keine Missverständnisse gibt:
Der Substance Designer arbeitet ja auch mit UV sets bedeutet er erkennt unterschiedliche Materials deines Lowpolys Objekt und macht daraus unterschiedliche Objekte.
Du kannst so bei einem Charakter bei dem unterschiedliche Körperteile unterschiedliche Materials haben die Körperteile ein oder ausblenden.
Das sind wie gesagt die UV Sets.
Dein Lowpoly sollte also am besten nur ein Material haben es sei du möchtest die UVsets nutzen aber ich mag die dinge nicht.
Wenn du dein Lowpoly nun mit unterschiedlichen Material texturieren willst dann brauchst du eine Colorid map (Colormap)
Damit du die Colorid von High auf Lowpoly baken kannst musst du dein Highpoly als FBX exportieren damit die Colorids überhaupt mit exportiert werden.
Wenn du das gemacht hast musst du beim Baken darauf achten das du beim Baken auch Material Color oder so ähnlich eingestellt hast. Wenn du in Painter die falschen Einstellungen wählst wird deine Colorid entweder schwarz oder grau werden.
Ich würde dir empfehlen die Colorid nicht im Painter zu Baken sonder in Xnormals als "Bake base Textur" ich finde Xnormals zuverlässiger und das Ergebnis finde ich auch besser.
Die Colorid von Xnormal kannst du dann im Painter verwenden.
Falls du auch den Designer hast kannst du die Colorid auch dort als "Colormap from Mesh" baken das Ergebnis finde ich ebenfalls besser da man im Designer mehr Kontrolle hat und zur Not einfacher Korrekturen durchführen kann.
Das ist jedenfalls mein Workflow